Năm 1956, Keyhoe đồng sáng lập Ủy ban Điều tra Quốc gia về Hiện tượng Không gian (NICAP). Ông là một trong một số nhân vật chuyên nghiệp, quân sự hoặc khoa học nổi tiếng trong hội đồng quản trị, người cho nhóm mượn một mức độ hợp pháp mà nhiều "câu lạc bộ đĩa bay" đương thời còn thiếu. NICAP đã xuất bản một bản tin mang tên The UFO Investigator (Điều tra viên UFO) được gửi đến các thành viên của nó. Mặc dù bản tin được dự định xuất bản hàng tháng đều đặn, do vấn đề tài chính, nó thường được gửi trên cơ sở thất thường hơn. Ví dụ, vào năm 1958, bốn số đã được xuất bản, nhưng chỉ có hai số được xuất bản vào năm 1959.[10]

Người sáng lập của NICAP Thomas Townsend Brown đã bị cách chức giám đốc vào đầu năm 1957 sau khi phải đối mặt với những cáo buộc liên quan đến tài chính. Keyhoe thay thế ông ấy; bản thân ông chỉ giỏi hơn một chút trong việc quản lý tài chính của NICAP và tổ chức này thường phải đối mặt với sự thiếu hụt và khủng hoảng tài chính trong suốt mười hai năm làm giám đốc của Keyhoe.[10] Mặc dù vậy, nó vẫn sẽ là nhóm nghiên cứu UFO dân sự lớn nhất và có ảnh hưởng nhất ở Hoa Kỳ từ cuối những năm 1950 đến cuối những năm 1960.[11]

Nhờ sự dẫn dắt của Keyhoe, NICAP đã nhấn mạnh vào các phiên điều trần của Quốc hội và điều tra về UFO. Họ đã thu hút được một số sự chú ý từ giới truyền thông đại chúng và công chúng nói chung (số thành viên của NICAP đạt đỉnh cao khoảng 15.000 người trong những năm đầu và giữa thập niên 1960) nhưng chỉ có sự quan tâm rất hạn chế từ phía quan chức chính phủ.

Tuy nhiên, ngày càng có nhiều chỉ trích về Dự án Blue Book của Không quân. Sau một làn sóng báo cáo về UFO được công bố rộng rãi vào năm 1966, NICAP là một trong những tổ chức kêu gọi một cuộc điều tra khoa học độc lập về UFO. Ủy ban Condon được thành lập tại Đại học Colorado với mục tiêu này, mặc dù nó nhanh chóng trở nên sa lầy trong đấu đá và sau đó, trong cuộc tranh cãi. Keyhoe đã công khai cái gọi là "Bị vong lục Xảo trá", một bản ghi nhớ đáng xấu hổ được viết bởi điều phối viên của Ủy ban Condon, dường như cho thấy rằng Ủy ban trung lập và khách quan bề ngoài đã quyết định theo đuổi một hoạt động hạ bệ uy tín trước khi bắt đầu nghiên cứu UFO.